商店因商品过期而扣除我的工资。这个违法吗？

实际中，被单位扣工资，如果是劳动者因自身问题耽误工作，适当扣除部分工资是合法的，当然，不同公司会有不同的规定。
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若劳动者劳动合同中的违约情况，有可能会被扣工资，扣工资是否合法需要结合实际情况而定。
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拖欠或扣发工资，职工可以和单位协商解决。协商不成的，职工可以向当地的区县级劳动仲裁院（劳动仲裁院设在人力资源社会保障局）申请仲裁，要求补发工资。